微波化學合成儀的微波是一種高頻率的電磁波，其本身并不產生熱。自然界的微波因為分散不集中，故不能作為一種能源，而利用的磁控管則可將電能轉變為微波，以每秒2450MHz的振蕩頻率穿透介質，當介質有合適的介電常數和介質耗損時，便會在交變得電磁場中發生高頻振蕩，使能量在介質內部積蓄起來。對化學反應而言，可同時產生熱效應和非熱效應。
四氟乙烯等非極性材料；但在金屬表面會被反射。家用微波爐磁控管的功率輸出是基本固定的，較小功率依靠改變電流的通/斷時間（占比空）來實現的。微電腦使用電流的通/斷能夠較嚴格地定時實行，選擇相同的工作狀況可以獲得重復的化學反應條件。
微波化學合成儀的保養
1、清洗微波化學合成儀前請務必拔下電源插頭。
2、可用蘸有軟性洗滌性（如洗潔精）的布擦拭微波爐外殼，并用微濕布擦凈，然后再用干布擦干，不要讓水分滲入爐腔，嚴禁使用鋼絲刷等硬物擦拭微波爐。
3、請勿用不良清洗劑及腐蝕性、揮發性的化學溶劑擦拭爐身，以免爐身受損。
4、必須經常清洗爐腔內留下的污垢，以免影響加熱效果。
5、必須保持儀器底部清潔，避免轉盤轉動時發生噪音。
6、保持儀器波導口的清潔，請不要把波導蓋（云母片）取下，以免打火。
7、經常保持儀器接合處清潔。
8、不使用儀器時請拔掉電源插頭。
9、由于儀器工作電流大，請用專業插座，不要與其他耗電量大的電器（特別是空調、取暖器等）共用一個插座，以免造成短路過載，引起火災。
